Impact op kennis

Strategische activiteiten

In 2025 bouwden we verder aan de community van Oncode Institute. Met onze jaarlijkse bijeenkomsten, waaronder de Annual Meeting en Annual Conference, en een reeks technische en klinische workshops, boden we een platform voor het delen van nieuwe inzichten, nieuwe samenwerkingen en het definiëren van nieuwe onderzoekslijnen. In 2025 zagen we daarbij een groeiende betrokkenheid van onderzoekers en clinici van buiten de Oncode-community. Voorbeelden daarvan zijn de “rare cancer”-workshop en de cursus met het Eureka Instituut gericht op kinderkanker. Daarnaast verkenden Oncode Investigators samen met de Nederlandse Kanker Agenda (NKA) de thema’s waarmee Oncode Institute kan bijdragen aan het Nederlandse kankeronderzoek.

Oncode Institute investeerde in talentontwikkeling en duurzame inzetbaarheid van onderzoekers. Het Oncode Institute Career Event bracht jonge onderzoekers in contact met professionals uit onder meer industrie, ondernemerschap en beleid, en ondersteunde hen in het verkennen van loopbaanpaden binnen en buiten de academie.

Een voorbeeld hiervan is de betrokkenheid van Oncode Institute bij internationale samenwerkingen zoals Cancer Grand Challenges. Binnen Team CAUSE, dat in 2026 financiering ontving, brachten we onderzoekers en patiëntvertegenwoordigers al in een vroeg stadium samen om fundamenteel onderzoek naar DNA-schade en kanker te verbinden met maatschappelijke en toekomstige klinische impact.

In 2025 legden we de basis voor nieuwe publiek-private samenwerkingen en translatieprojecten. Een concreet voorbeeld hiervan is de samenwerking tussen MRM Health, Oncode Institute en het Nederlands Kanker Instituut, waarin het onderzoek van Oncode Investigator Emile Voest naar het microbioom centraal staat om de effectiviteit van immunotherapie te verbeteren.

Kép
Kép
Kép
Kép
Kép
Kép

Puck Knipscheer
Oncode Investigator

“CAUSE (het in 2025 gestarte Cancer Grand Challenges-programma) wordt
in de kern gedreven door nieuwsgierigheid en diepgaand mechanistisch onderzoek. Daarbij is een zinvolle betrokkenheid van patiënten zowel een uitdaging als essentieel. Door vanaf het allereerste begin nauw samen te werken met patiëntenvertegenwoordigers, worden we er voortdurend aan herinnerd waarom inzicht in DNA-schade en mutatieprocessen belangrijk is, niet alleen op wetenschappelijk gebied, maar uiteindelijk ook voor patiënten en de toekomstige kankerzorg.”

Emile Voest
Oncode Investigator

“Ons onderzoek heeft aangetoond dat het darmmicrobioom en de
metabolieten daarvan een cruciale rol spelen bij het opzetten van de respons
op immuuntherapie. Door samen te werken met MRM Health kunnen we deze inzichten vertalen naar innovatieve therapeutische strategieën. Die kunnen helpen resistentie te overwinnen en het volledige potentieel van immuuntherapie te ontsluiten.”

Opgezette samenwerkingen: KiKa en Alpe d’HuZes/KWF
In 2025 startte Oncode Institute een strategische samenwerking met Stichting Kinderen Kankervrij (KiKa) om onderzoek naar kinderkanker te versnellen. Door onze krachten te bundelen versterken we de brug tussen fundamenteel onderzoek en klinische praktijk, met als gezamenlijke ambitie: ieder kind kankervrij. Hierin groeien we naar een financieringsmodel met 2 miljoen euro per jaar vanaf 2028.

Jakolien van Eijk
algemeen directeur KiKa

“Om écht een verschil te maken voor kinderen met kanker moeten we veelbelovende wetenschappelijke inzichten snel vertalen naar praktische doorbraken. Oncode Institute is erg goed in het begeleiden van onderzoekers bij dit proces. Daarom ben ik ontzettend blij dat we het startsein hebben gegeven voor deze nieuwe samenwerking.”

 

Met steun van het Alpe d’HuZes/KWF Fonds ontvangt Oncode Institute een extra investering van 4,5 miljoen euro voor het versnellen van innovatief kankeronderzoek. Deze impuls maakt het mogelijk om nieuwe, risicovolle onderzoekslijnen snel op te starten en samenwerking tussen jonge onderzoekers te versterken.

 

Erik Jutstra
voorzitter Alpe d’HuZes

“Alpe d’HuZes draait om verbinding en samen in beweging komen voor mensen met kanker. Met deze impuls kunnen we gericht investeren in onderzoek dat bijdraagt aan versnelling van onderzoeken die nieuwe perspectieven bieden.”

 

Onze impact bij Alpe d’HuZes 2025
Tijdens Alpe d’HuZes 2025 kwamen meer dan 150 onderzoekers, mede- werkers, partners en supporters van Oncode Institute samen om zich in te zetten voor kankeronderzoek. Met 18 teams beklommen zij de Alpe d’Huez onder het motto:

“We’re climbing the mountain for cancer research.”

Samen haalden zij meer dan €350.000 op voor onderzoek dat bijdraagt aan betere behandelingen en meer perspectief voor patiënten. De deelname laat niet alleen de kracht van samenwerking zien, maar ook hoe sterk onderzoekers zich verbonden voelen met patiënten en hun naasten.
Door zichtbaar mee te doen aan Alpe d’HuZes onderstrepen zij hun betrokkenheid en motivatie om met fundamenteel onderzoek verschil te maken in het leven van mensen met kanker.

Kép

Resultaten

In 2025 publiceerden de Oncode onderzoekers gezamenlijk meer dan 330 reviewed artikelen. Van de publicaties is 91% Open Access, wat de zichtbaarheid en toegankelijkheid vergroot.

In 2025 ontvingen Oncode Investigators gezamenlijk meer dan 100 toekenningen van subsidies en prijzen, met een totale waarde van ruim 45 miljoen euro subsidie voor onderzoek binnen de onderzoeksgroepen van Oncode Institute.

Daarvan kwamen 12 toekenningen uit talentprogramma’s van de Nederlandse organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) en de European Research Council (ERC), de Spinozaprijs, SITC-award, en de Ammodo Science Award. Daarnaast ontvingen Oncode Investigators meerdere grootschalige internationale en publiek-private subsidies.

Een voorbeeld van een publiek-private samenwerking, waarin onderzoekers en bedrijven samenwerken aan nanomedicijnen om tumoren beter zichtbaar te maken voor immunotherapie, is het SPARC-project. Dit werd in 2025 geselecteerd voor financiering vanuit het NWO Perspectief Programma. Oncode Institute is partner.

Miao-Ping Chien
Oncode Investigator

“Veel patiënten hebben nog steeds geen baat bij immuuntherapie, omdat hun tumoren voor het immuunsysteem verborgen blijven. Met SPARC willen we daar verandering in brengen. Door de expertise van zoveel partners te bundelen en technologie te ontwikkelen die tumoren beter zichtbaar maakt, hopen we deze behandeling voor veel meer mensen effectief te maken. Ik ben er trots op dat Oncode Institute aan dit samenwerkingsproject kan bijdragen.”

Kép

Impact & toekomst

Juist door gericht te investeren in excellent fundamenteel onderzoek en samenwerking blijft Oncode Institute bijdragen aan wetenschappelijke doorbraken met maatschappelijke en klinische impact. De kwaliteit, relevantie en impact van de onderzoeksresultaten behoren ook in 2025 tot de absolute wereldtop van onderzoeksinstituten in de life sciences en biomedische wetenschappen, met een prestatieniveau vergelijkbaar met de top 2 van onderzoeksinstituten wereldwijd. Dat blijkt uit een analyse van onafhankelijke citaties van wetenschappelijke publicaties (CWTS Leiden Ranking 2025).

In 2025 leverden Oncode Investigators opnieuw belangrijke wetenschappelijke inzichten binnen verschillende domeinen van kankeronderzoek. Hieronder lichten we enkele voorbeelden uit.

Onderzoekers onder leiding van Thijn Brummelkamp ontdekten een nieuwe zwakke plek die voorkomt in ongeveer de helft van alle kankers. Leila Akkari kreeg nieuwe inzichten in hoe tumorcellen en het immuunsysteem elkaar beïnvloeden. Onderzoek van Geert Kops droeg bij aan een beter begrip van hoe fouten ontstaan bij het verdelen van genetisch materiaal in cellen, een proces dat een belangrijke rol speelt bij kanker.

Ook verkregen Oncode-onderzoekers nieuwe inzichten in het feit waarom sommige tumoren ongevoelig worden voor behandeling. De onderzoeksgroep onder leiding van Ronald Kanaar en Arnab Ray Chaudhuri onderzochten hoe bepaalde tumoren DNA-schade toch kunnen herstellen, waardoor chemotherapie minder goed werkt. Deze inzichten kunnen helpen bij de ontwikkeling van nieuwe behandelstrategieën.

Daarnaast zetten onze onderzoekers verdere stappen richting klinische toepassing. Agustin Enciso-Martinez ontwikkelde een methode om moeilijk detecteerbare signalen van tumorcellen in bloed zichtbaar te maken. Deze aanpak kan in de toekomst bijdragen aan eerdere diagnose en betere monitoring van kanker.

Deze voorbeelden illustreren hoe fundamenteel onderzoek binnen Oncode Institute bijdraagt aan nieuwe inzichten én de verdere ontwikkeling van toepassingen voor patiënten. In combinatie met het aantrekken van externe financiering laten deze onderzoeksresultaten zien dat de strategische inzit op excellent fundamenteel onderzoek en samenwerking zijn vruchten afwerpt binnen en buiten de gemeenschap van Oncode Institute.

Agustin Enciso-Martinez
Oncode Investigator

Over het onderzoek naar tumor-afgeleide extracellulaire blaasjes in bloed, waarmee eerder moeilijk detecteerbare signalen van tumorcellen zichtbaar kunnen worden gemaakt voor toekomstige toepassingen in vroege diagnose en monitoring van kanker:

“Deze veelbelovende techniek kan de manier verbeteren waarop we verschillende soorten kanker diagnosticeren en monitoren.”

Arnab Ray Chaudhuri
groepsleider (Erasmus MC)

“Door te begrijpen hoe kankercellen alternatieve manieren vinden om DNA te herstellen en een behandeling te overleven, kunnen we therapieën ontwikkelen die resistente tumoren weer kwetsbaar maken.”

De code achter genregulatie ontrafeld

Kép

Sommige wetenschappelijke doorbraken komen niet voort uit één enkel laboratorium of één enkele discipline. Ze ontstaan juist door samenwerking als strategie. Dat is precies wat er gebeurde toen zeven onderzoekers van het Oncode Institute hun krachten bundelden op het gebied van biologie, AI en klinisch onderzoek om een van de meest complexe vragen in de biologie aan te pakken: hoe genen worden in- en uitgeschakeld.

Hun antwoord is PARM: een nieuw, lichtgewicht AI-model dat de verborgen ‘taal’ onthult die de genactiviteit aanstuurt. Door grootschalige experimenten te combineren met speciaal ontwikkelde kunstmatige intelligentie heeft het team een grote stap gezet in het ontcijferen van het regulatiesysteem van het genoom.

“Sommige vragen zijn simpelweg te complex voor één vakgebied alleen”, zegt Bas van Steensel van het Nederlands Kanker Instituut (NKI). “Begrijpen hoe cellen beslissen welke genen ze activeren, is daar een van.”

Al decennialang weten wetenschappers hoe DNA eiwitten codeert. Maar een dieper mysterie bleef bestaan: waarom hetzelfde DNA zich in verschillende celtypen anders gedraagt. Wat bepaalt of een gen in de ene cel actief is, en in een andere cel niet? “We kennen de letters van het genetische alfabet al heel lang”, legt Van Steensel uit. “Wat we misten was de grammatica: de taal die de genactiviteit regelt.”

 

Om die taal te ontrafelen, startte het team het PERICODE-project. In plaats van genen één voor één te bestuderen, kozen ze voor een radicaal andere aanpak: miljoenen DNA-sequenties tegelijkertijd meten en AI de regels laten leren.

In het lab van Van Steensel ontwikkelden onderzoekers een technologie die in staat is om op grote schaal vast te leggen hoe korte DNA-sequenties de genactiviteit beïnvloeden. Maar data alleen waren niet genoeg. Daar kwamen computationeel wetenschapper Jeroen de Ridder en zijn team om de hoek kijken.

“De meeste AI-modellen leren van de data die beschikbaar zijn,” zegt De Ridder. “In ons lab werden de experimenten en de AI samen ontworpen. Daardoor konden we zeer efficiënte modellen bouwen, die zijn afgestemd op specifieke biologische vraagstukken.”

Het resultaat is PARM: een model dat het gedrag van genen niet alleen voorspelt, maar ook verklaart. Het kan onthullen hoe regulerend DNA verschilt tussen celtypen, hoe genen reageren op prikkels zoals medicijnen, en hoe de ‘aan/uit-schakelaars’ van genen zijn gestructureerd.

Cruciaal is dat de voorspellingen niet theoretisch bleven. Elk inzicht werd experimenteel getest, waardoor continue feedback ontstond tussen laboratoriumwerk en berekeningen. Deze iteratieve aanpak leidde tot een opvallende conclusie: genregulatie is veel voorspelbaarder dan eerder werd gedacht. “Nu kunnen we beginnen met het lezen van de regulerende code”, zegt Van Steensel. “En daarmee kunnen we zelfs voorspellen hoe veranderingen in het DNA de genactiviteit beïnvloeden.”

Die aanpak heeft grote implicaties, vooral voor kankeronderzoek. De meeste mutaties bij kanker veranderen eiwitten niet direct; ze beïnvloeden regulerend DNA. Tot nu toe waren deze mutaties uiterst moeilijk te interpreteren.

PARM brengt daar verandering in. Het stelt onderzoekers in staat om de impact van regulerende mutaties in specifieke celtypen en omstandigheden te voorspellen. Dat biedt nieuwe mogelijkheden voor diagnostiek, patiëntstratificatie en gerichte therapieën. “Dit geeft ons een manier om DNA-veranderingen te koppelen aan echte biologische uitkomsten,” zegt De Ridder. “Dat is essentieel voor het begrijpen van ziekten.”

De implicaties reiken verder dan kanker. Een voorspellende regulerende code zou de ontwikkeling van geneesmiddelen kunnen versnellen, nieuwe therapeutische doelwitten kunnen identificeren en geheel nieuwe diagnostische hulpmiddelen mogelijk maken.

Het team onderzoekt al wegen naar praktische toepassingen, waaronder het patenteren en verder ontwikkelen van de technologie. Want uiteindelijk gaat het niet alleen om het begrijpen van biologie. Het gaat erom dat begrip te gebruiken om een verschil te maken.